L’organisation spatiale des éléments qui structurent l’exposition Métissages découle de la géométrie de la salle, séparée en deux par une passerelle, qui répartit naturellement les deux grands thèmes abordés, le social et le scientifique représentés par deux figures architecturales principales : la Tour de Babel et le Théâtre anatomique. Leur mise en forme traduit leur complémentarité qui fait de l’un l’inversion de l’autre. La Tour de Babel est formée d’une rampe qui monte en spirale jusqu’à un point sommet et redescend par un escalier au coeur de la structure. Le Théâtre anatomique est composé d’une série de plateformes concentriques en gradin dont la structure de bois complètement apparente est l’inverse de la Tour de Babel opaque. Par analogie à l’idéal de transparence de la science, les parois du Théâtre anatomique sont translucides et révélent l’intérieur : les projections et les ombres mouvantes des visiteurs. La salle est entourée par des mezzanines qui définissent des espaces plus bas en périphérie, et qui sont occupés par les Cabinets de curiosité, le Mur calligraphique et la Forêt.